Kapasitas sumber daya manusia menjadi salah satu kunci keberhasilan pencapaian target kinerja. Untuk mencapai target penurunan stunting, peran strategis dari masing – masing unsur pentahelix perlu didukung oleh kapasitas yang mumpuni. Oleh karena itu, peningkatan kapasitas sumber daya manusia menjadi salah satu fokus dari program Jogja ISTIMEWA dengan menyelenggarakan berbagai pelatihan dan workshop untuk meningkatkan kapasitas pemerintah daerah dan berbagai pihak dalam melakukan analisa situasi, perencanaan program berbasis data, kajian dampak intervensi, analisa kebijakan dan penyusunan rekomendasi kebijakan atau advokasi dengan policy brief. Upaya peningkatan kapasitas tidak hanya dilakukan pada sisi pemerintah daerah dan organisasi perangkat daerah sebagai regulator dan perencana, namun juga diarahkan pada pelaksana lapangan dalam hal ini adalah tenaga penggerak di masyarakat. Serangkaian pelatihan dilaksanakan di lima kabupaten/kota di provinsi DIY bekerjasama dengan OPD KB setempat dan perguruan tinggi mitra untuk meningkatkan kapasitas kerja kader posyandu, guru PAUD, kader pembangunan manusia, tim pendamping keluarga dan masyarakat umum lainnya yang berminat terlibat dalam penanganan stunting.